Papst Benedikt XVI. beauftragte im Jahr 2007 den damaligen Bischof von Regensburg, Gerhard Ludwig Kardinal Müller, mit der Herausgabe seines gesamten theologischen Werkes bis zur Papstwahl am 19. April 2005. Bischof Müller gründete daraufhin das Institut zur wissenschaftlichen Betreuung des mit dem Herder Verlag Freiburg geplanten Editions-Projektes. Die Edition umfasst 16 Bände. Ziel der „Joseph Ratzinger Gesammelten Schriften“ (JRGS) ist die Erschließung des theologischen Werkes von Joseph Ratzinger in einer Kombination von systematischer und chronologischer Ordnung.
Eine Spezialbibliothek mit Quellen und Sekundärliteratur sowie ein Archiv sind für den wissenschaftlichen Auftrag des Instituts, die Theologie Joseph Ratzingers für die theologische Diskussion zur Verfügung zu stellen, eingerichtet worden. Die Räume des Instituts sind im Regensburger Priesterseminar untergebracht.
Seit dem 1. September 2008 wird in den Räumen des Instituts gearbeitet. Zunächst gilt es neben der Editionsarbeit eine entsprechende Spezialbibliothek aufzubauen. Sie soll neben allen Werken Joseph Ratzingers auch den wissenschaftlichen Kontext umfassen. Bischof Gerhard Ludwig Müller und Prof. Voderholzer haben die Konzeption des Instituts am 4. September 2008 der Presse vorgestellt und erläutert.
Das Institut soll zu einem zentralen Ort der Forschung über das Werk Joseph Ratzingers werden. Aus diesem Grund ist auch der Aufbau eines umfangreichen Archivs geplant. Das Institut ist dankbar für Hinweise oder aber auch für die Überlassung von bisher unveröffentlichten Aufzeichnungen von Vorlesungsmitschriften, Predigten, Vorträgen etc. Prof. Voderholzer führte das im Interview mit der katholischen Sonntagszeitung näher aus.
Am 30. Oktober 2008 fand die feierliche Eröffnung des Instituts mit der Übergabe des ersten Bandes (JRGS 11) an den Apostolischen Nuntius Jean-Claude Périsset statt. Nach einer Pontifkalvesper in St. Jakob wurde im Rahmen eines Festaktes die "Theologie der Liturgie" und das theologische Werk Joseph Ratzingers durch Bischof Müller (Festvortrag), Nuntius Périsset, Erzbischof Zollitsch und Erzbischof Marx vorgestellt und gewürdigt. Prof Voderholzer bedankte sich ausführlich bei allen, die mit ihrer Unterstützung die Eröffnung und die Arbeit des Instituts möglich gemacht haben.