El Papa Benedicto XVI le encomendó al obispo de Ratisbona, Gerhard Ludwig Müller, la tarea de editar la colección completa de escritos teológicos en la editorial Herder en Friburgo de Brisgovia (Joseph Ratzinger. Gesammelte Schriften: JRGS).

 
Con el fin de ofrecer un soporte científico a este proyecto, el obispo Müller ha fundado el Instituto Papa Benedicto XVI, cuyo objetivo principal consiste en reunir y poner a disposición la totalidad de la obra – editada e inédita – del teólogo, obispo y Papa Joseph Ratzinger/Benedicto XVI así como de los contextos biográficos y teológicos. 

Después de que el Nuncio Apostólico en Alemania, el Dr. Jean-Claude Périsset, diera el pistoletazo de salida el 17 de marzo de 2008 con la bendición de los futuros locales del Instituto, éste se instituyó formalmente mediante la aprobación y la publicación de los Estatutos.

El Instituto es una institución promovida y financiada por el obispado de Ratisbona. El obispo Müller nombró al Dr. Rudolf Voderholzer como director fundador. El Dr. Christian Schaller es el subdirector del Instituto y coordina el trabajo in situ.