Papa Benedetto XVI ha affidato al vescovo di Ratisbona, Gerhard Ludwig Müller, l'edizione dei suoi scritti di carattere teologico, incaricandolo di curare la pubblicazione dell'Opera Omnia presso la casa editrice Herder di Friburgo in Bresgovia (Joseph Ratzinger. Gesammelte Schriften: JRGS). 
A supporto scientifico di tale progetto, il vescovo Müller ha fondato l'Istituto Papa Benedetto XVI, il cui compito principale consiste nella raccolta e nell'elaborazione di tutto il materiale edito ed inedito del teologo, vescovo e pontefice Joseph Ratzinger/Benedetto XVI, e dei relativi contesti biografici e teologici.
Dopo che il Nunzio Apostolico Jean-Claude Périsset, benedicendone il 17 marzo 2008 la futura sedelocali, aveva dato il "segnale di partenza" per la costituzione dell'Istituto, ora, con l'approvazione e la pubblicazione degli statuti, esso risulta formalmente istituito.
L'Istituto è un organismo promosso e finanziato dall'episcopato di Ratisbona. Alla sua direzione, il vescovo Müller ha preposto il prof. dott. Rudolf Voderholzer. Il dottor Christian Schaller è vicedirettore dell'Istituto, di cui coordina i lavori in loco.